(l)会计核算的基础不同
预算会计中，财政总预算会计和行政单位会计以收付实现制为会计核算基础，事业单位会计根据单位实际情况，分别采用收付实现制和权责发生制。企业会计均以权责发生制为会计核算基础。
(2)会计要素构成不同
预算会计要素分为五大类：即资产、负债、净资产、收人和支出。企业会计要素分为六大类：即资产、负债、所有者权益、收人、费用和利润。即使相同名称的会计要素，其内容在预算会计与企业会计上也存在较大差异。
(3)会计等式不同
预算会计的会计等式为：资产=负债十净资产;企业会计的会计等式为：资产=负债十所有者权益。
(4)会计核算内容及方法有其特殊性
在预算会计中，固定资产一般应与固定基金相对应，固定资产不计提折;对外投资一般与**基金相对应;对专用基金实行专款专用办法;一般不实行成本核算，即使有成本核算，也是内部成本核算;没有利润及利润分配的核算等。这些均与企业会计有明显差异。
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