法律分析：用人单位的规章制度没有违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的，违反公司规定扣工资不违法。用人单位无正当理由扣工资是不合法的。劳动者和用人单位建立劳动关系，用人单位不得非法对劳动者进行罚款，用人单位非法克扣劳动者的工资属于违法行为。
如何扣工资才算合法：
第一，如果劳动者由于个人不努力没有完成工作的，用人单位可以扣工资，但所剩不能低于最低工资。
第二，劳动者由于违反劳动纪律或者说由于某些情况、原因给用人单位造成损失了，在这种情况下，用人单位可以扣减工资，但是扣减工资的比例不能超过月工资的20%，可以逐月扣除，最后累加。
第三，劳动者请事假，那么工资相应就要扣除一部分。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》 第八十五条 用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（三）安排加班不支付加班费的；
（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
