学校法人变更的办理方式如下：
1、民办学校在提出民事主体资格变更申请前，应当告知债权人、债务人。债权人、债务人对民办学校民事主体资格变更无异议的，民办学校方可向登记管理机关提出变更申请。
2、民办学校提交申请民事主体资格变更的全部材料。
3、符合民办非企业单位（法人）登记条件的民办学校，发给民办非企业单位（法人）登记证书并在网上进行公告。
学校的法人代表是校长，学校的法人公立学校是地方或相关部门，校长是法定代表人，私立学校的法人是投资人，其法定代表人由投资人确定，法定代表人代表投资人行使对学校的管理权，代表投资人对外签订合同，协商解决相关问题，投资人是学校的法人，一般由或投资人成立的公司承担法人职责。
一、申请法人变更所需要的材料
申请民事主体资格变更，应当向登记管理机关提交下列材料：
1、民办非企业单位变更登记表；
2、民事主体资格变更申请书（格式样本见附件2）；
3、经业务主管单位核准的民办学校章程并附董事会、理事会成员名单；
4、民办非企业单位章程核准表；
5、民办非企业单位法定代表人基本情况表；
6、民办学校办学许可证副本及复印件；
7、社会审计机构出具的审计报告；
8、社会审计机构出具的验资报告（开办资金需变更的）；
9、民办学校移交财产协议书复印件（格式样本见附件3）；
10、原《民办非企业单位（个体）登记证书》正、副本；
11、登记管理机关依照有关法律、法规要求提交的其他材料。以上表格一式一份。
回答涉及到的法律依据：
《民办教育促进法》
第十条举办民办学校的社会组织，应当具有法人资格。
举办民办学校的个人，应当具有政治权利和完全民事行为能力。
民办学校应当具备法人条件。
第十二条举办实施学历教育、学前教育、自学考试助学及其他文化教育的民办学校，由县级以上教育行政部门按照国家规定的权限审批；举办实施以职业技能为主的职业资格培训、职业技能培训的民办学校，由县级以上人力资源社会保障行政部门按照国家规定的权限审批，并抄送同级教育行政部门备案。
第五十四条民办学校举办者的变更，须由举办者提出，在进行财务清算后，经学校理事会或者董事会同意，报审批机关核准。
