1、补偿标准低。土地管偿标准授权由省、自治区、直辖市具体规定。而有的省、自治区、直辖市违反立法法的规定，没有严格按照授权目的行使该项权力，将该授权给下级行政机关，下级行政机关为了减少土地储存成本，维护地方利益，通常将补偿标准规定较低。
2、补偿标准随意性大。在农民房屋拆迁补偿纠纷案件中，有的拆迁人暗箱操作，与被拆迁农户签订拆迁安置补偿协议严重缺少公开、公平性，对同样被拆迁农户的房屋，在同等的条件下，得到的安置补偿结果不一样；另外，有的农村集体经济组织依法收回土地使用权的补偿标准，交由村民会议按照民主议定程序决定，补偿标准随意性大。
3、拆迁协议凸显家事代理性。在农村，集体土地上的房屋一般仅办理了集体土地使用权证，而未办理房屋所有权证。
4、处理难度大，主要有以下几个方面：
（1）案情复杂。
（2）群体性纠纷多，社会影响大。
（3）息诉工作难做。
一、房屋拆迁评估流程
1、拆迁调查和项目概算。由拟申领《房屋拆迁许可证》的单位组织；
2、拆迁管理部门对申领单位所申报的材料进行审核。提交申报的材料有：
（1）建设项目批准文件；
（2）建设用地规划许可证（附红线图）；
（3）国有土地使用权批准文件；
（4）拆迁资金；
（5）拆迁计划和安置方案；
3、拆迁主管部门发放《房屋拆迁许可证》，同时发布《拆迁通告》，正式启动拆迁工作；
4、拆迁主管部门组织被拆迁人投票选择确定评估机构；
5、入户调查（评估机构进行评估调查，实施单位进行附属物、装潢的调查）；
6、评估结果公示；
7、出具并送达评估报告；
8、正式开始商谈并签订城市房屋拆迁补偿安置协议（奖金期开始）；
9、搬家、腾房、交钥匙、领取补偿款；
10、拆除房屋。
二、房屋拆迁评估有效期
1、中华人民共和国建设部颁发的《房地产抵押估价指导意见》的第二十六条规定：估价报告应用有效期从估价报告出具之日起计，不得超过一年；房地产估价师预计估价对象的市场价格将有较大变化的，应当缩短估价报告应用有效期。
2、超过估价报告应用有效期使用估价报告的，相关责任由使用者承担。在估价报告应用有效期内使用估价报告的，相关责任由出具估价报告的估价机构承担，但使用者不当使用的除外。
3、房屋拆迁，是指因国家建设、城市改造、整顿市容和环境保护等需要，由建设单位或个人对现存建设用地上的房屋进行拆除，对房屋所有者或使用者进行迁移安置并视情况给予一定补偿的活动。
