法律分析：变更登记按照下列程序办理：(1)承包方填写变更登记申请书。(2)申请人持二轮延包合同书和《农村土地承包经营权证》。(3)村委会在申请书上签字盖章。(4)(发包方)证明材料，主要是已变更的农村土地承包合同。(5)承包方将申请书、有关证明材料和《农村土地承包经营权证》，报送乡(镇)经管站审核。经审核后在登记簿上进行记载。(6)由乡(镇)向市提出“变更登记”书面申请(后附有关材料一式两份)和承包户交回的《农村土地承包经营权证》。由市农业局经管站对乡镇报送的申请材料予以审核，符合规定的，在登记簿上进行记载。在原《农村土地承包经营权证》增减变动栏目填写增减变动地块名称及面积，并在证书上注明“变更”的字样
一、其他方式承包纠纷的处理
1、本集体经济组织成员在承包费、承包期限等主要内容相同的条件下主张优先承包权的，应予支持。但在发包方将农村土地发包给本集体经济组织以外的单位或者个人，已经法律规定的民主议定程序通过，并由乡(镇)批准后主张优先承包权的，不予支持。
2、承包方未依法登记取得土地承包经营权证等证书，即以转让、出租、入股、抵押等方式流转土地承包经营权，发包方请求确认该流转无效的，应予支持。但非因承包方原因未登记取得土地承包经营权证等证书的除外。承包方流转土地承包经营权，除法律或者本解释有特殊规定外，按照有关家庭承包土地承包经营权流转的规定处理。
二、实行招投标、拍卖等方式承包土地的
实行招标、拍卖、公开协商等方式承包农村土地的，按下列程序办理农村土地承包经营权证：
（一）土地承包合同生效后，承包方填写农村土地承包经营权证登记申请书，报承包土地所在乡（镇）农村经营管理部门。
（二）乡（镇）农村经营管理部门对发包方和承包方的资格、发包程序、承包期限、承包地用途等予以初审，并在农村土地承包经营权证登记申请书上签署初审意见。
（三）承包方持乡（镇）初审通过的农村土地承包经营权登记申请书，向县级以上地方申请农村土地承包经营权证登记。
（四）县级以上地方农业行政主管部门对登记申请予以审核。申请材料符合规定的，编制农村土地承包经营权证登记簿，报请同级颁发农村土地承包经营权证；申请材料不符合规定的，书面通知申请人补正。
法律依据：《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》第十三条乡(镇)农村经营管理部门领取农村土地承包经营权证后，应在30个工作日内将农村土地承包经营权证发给承包方。发包方不得为承包方保存农村土地承包经营权证。《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》第十四条承包期内，承包方采取转包、出租、入股方式流转土地承包经营权的，不须办理农村土地承包经营权证变更。采取转让、互换方式流转土地承包经营权的，当事人可以要求办理农村土地承包经营权证变更登记。因转让、互换以外的其他方式导致农村土地承包经营权分立、合并的，应当办理农村土地承包经营权证变更。
