1、侵害的客体不同。非法经营罪侵犯的是全国及其常委会制定的法律，制定的行规、规定的行政措施、发布的决定和命令所确立的市场准入制度；而倒卖文物罪侵犯的是国家对文物的正常管理活动。
2、犯罪对象不同。非法经营罪的犯罪对象主要是国家专营、专卖的物资，买卖的物品以及相关证件和公文、非法出版物、外汇等；而倒卖文物罪的犯罪对象是国家禁止自由买卖的文物。
3、行为表现不同。非法经营罪的行为方式多种多样，可以发生在经济领域包括生产、流通领域的收购、储存、运输、加工、批发、零售等各个环节中任何一个单一的环节都可以构成非法经营罪；而倒卖文物罪只有“倒卖”一种行为方式。“倒卖”行为不是单纯的买或者卖，而是一个整体，它包含对文物的非法收购、贩卖和转手倒卖等行为。因此，仅有收买或者出卖文物的行为，不能被认定为倒卖文物罪。
4、两罪的侧重点不同。非法经营罪强调的是主体有无经营权；而倒卖文物罪强调的是行为对象是否为国家禁止经营的文物。
法律依据
《中华人民共和国刑法》第三百二十六条 【倒卖文物罪】以牟利为目的，倒家禁止经营的文物，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；情节特别严重的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。
《中华人民共和国刑法》第二百二十五条【非法经营罪】违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产：
（一）未经许可经营法律、行规规定的专营、专卖物品或者其他买卖的物品的；
（二）买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行规规定的经营许可证或者批准文件的；
（三）未经国家有关主管部门批准非法经营证券、期货、保险业务的，或者非法从事资金支付结算业务的；
（四）其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。
